el beşir, 16 yaşında sudan ordusuna katıldı. kahire'deki askeri akademide eğitim aldı. 1973’te, enver sedat yönetimindeki mısır'ın suriye ile birlikte israil'e saldırdığı savaşta mısır ordusunda görev yaptı. 

1975’de birleşik arap emirlikleri'ne gönderildi ve ataşe olarak görev yaptı. 1981’de sudan’a dönerek askeri görevlerine devam etti.

kansız darbenin lideri

1989'da el beşir liderliğindeki sudan ordusu, darbeyle başbakan sadık el mehdi’yi devirerek hükümeti devraldı. geçiş dönemi için kurulan yürütme ve yasama organı ulusal kurtuluş için devrimci komuta konseyi’nin başkanı oldu. böylece; devlet başkanlığı, başbakanlık ve silahlı kuvvetler komutanlığı görevlerini yüklendi. ulusal islami cephe lideri olan ve şeriat hukukunu kuzey sudan’da yerleştiren hasan el turabi ile ittifak yaptı.

16 ekim 1993’te kendini devlet başkanı olarak atadı. konseyi kaldırdı ve rakip partileri, bazı birlikleri ve gazeteleri yasakladı. bazı üst rütbeli askerleri, ön plandaki siyasi isimleri ve gazetecileri hapis cezasına çarptırdı.

1996 seçimlerinde tek adaydı ve yüzde 75.7 ile başkan seçildi. 1998’e kadar muhalefet yokken 1998’de yeni bir anayasa ile yeni siyasi yapılara izin verdi. ancak el beşir’in ulusal kongre partisi karşısındaki bu partiler, darfur çatışması büyümeden önce destek görmedi.

1999’da el beşir, parlementoya askerleri göndererek 1989 darbesinden beri birlikte hareket ettiği hasan turabi’yi görevinden aldı. 

el beşir; 2000 senesinde yapılan seçimlerde yüzde 86.5 oranında oy alarak yeniden başkan seçildi ve partisi meclisteki 360 koltuktan 355’ini kazandı.

soykırım suçlaması

2003’te ülkenin en yoksul bölgelerinden darfur’da isyan  başladı. sudan hükümetinin desteklediği milisler (cancevidler) ile darfur’daki kabileler arasında çatışma çıktı.

birleşmiş milletler'e (bm) göre, çatışmalar sırasında 300 bin kişi öldürüldü ve nüfusu 6.2 milyon olan darfur’da 2 milyon 700 bin kişi de evlerini terk etmek zorunda kaldı. el beşir ise  temmuz 2008 de al jazeera’de yayınlanan frost over the world programında darfur'da 10 binden fazla ölü olmadığı konusunda ısrar etti.

14 temmuz 2008'de lahey uluslararası savaş suçları mahkemesi savcısı luis moreno-ocampo, ömer el beşir'i, soykırım, insanlığa karşı suç ve darfur'da savaş suçu işlediği gerekçeleriyle suçladı ve tutuklanmasını talep etti.

4 mart 2009’da savcının soykırım talebi mahkeme tarafından yeterli delil olmadığı gerekçesi ile düşerek; savaş suçu ve insanlık suçu işlemekten hüküm verildi. el beşir; lahey tarafından, görevi başındayken hakkında dava açılan ilk devlet başkanı oldu. 

sudan’ın bölünmesi

ekim 2005’de el beşir hükümeti, sudan'daki ikinci iç savaşın bitmesi için sudan halk kurtuluş ordusu kontrolündeki güney sudan bölgesine sınırlı bir bağımsızlık tanımayı şartlı olarak kabul etti. 9 temmuz 2011’de ise güney sudan tamamen sudan’dan ayrılıp bağımsızlığını ilan etti.

wikileaks belgelerinde sudan devlet başkanı ömer el beşir'in ingiltere'deki lloyd’s bank hesaplarında ülkesinden kaçırdığı 9 milyar dolar parasının bulunduğu iddia ediliyor. banka, beşir ile bağlantılı herhangi bir hesap konusunda bilgileri olmadığında ısrar ediyor.